Ssintetični astaksantin in naravni astaksantin sodrugačent, so njihova antioksidativna sposobnost ter vsebnost in čistost astaksantina različni ter različni po strukturi. Zato obstajajo tudi razlike v učinkovitosti infunkcijo.

Ssintetični :
Astaksantin je mogoče kemično pripraviti iz karotena. To je glavni vir astaksantina v ribji krmi. Dve metodi dodajanja ekstrakcije odpadkov iz kozic ali ekstrakcije kvasovk, ki proizvajajo astaksantin, sta dražji, zato se pogosteje uporablja metoda kemične sinteze.
Poleg metod umetnih kemičnih sintez so na splošno trije biološki viri naravnega astaksantina: odpadki iz industrije predelave vodnih proizvodov, Phaffia rhodozyma in mikroalge (Haematococcus pluvialis). Med njimi je vsebnost astaksantina v odpadkih nizka, stroški ekstrakcije pa visoki, kar ni primerno za obsežno proizvodnjo. Povprečna vsebnost astaksantina v naravni Phaffia rhodozyma je le 0,40 %. Nasprotno pa je vsebnost astaksantina v Haematococcus pluvialis kar 5 %, zato se šteje za"koncentrat" naravnega astaksantina.
Kakšna je razlika med umetnim astaksantinom in naravnim astaksantinom?
Trenutno ima proizvodnja astaksantina dve metodi: umetno sintezo in biološko pridobitev. Sintetični astaksantin ni le drag, ampak ima tudi pomembne razlike od naravnega astaksantina v smislu strukture, delovanja, uporabe in varnosti.

Glede strukture:
Zaradi optične rotacije hidroksila (-oh) na obeh koncih ima astaksantin 3 izomere: 3s-3's, 3r-3's in 3r-3'r (imenovan tudi levorotacijski, racemični, desnorotacijski)ttako, sintetični astaksantin je mešanica 3 struktur astaksantina (25 % za levorotacijski, 25 % za desno rotacijo in približno 50 % za racemizacijo),odmalo antioksidativnega delovanja, astaksantin, pridobljen iz kvasovk, je 100 % desnorotacijski (3r-3'r) in ima delno antioksidativno aktivnost; zgornja dva vira astaksantina se uporabljata predvsem za barvanje neprehrambnih živali kot hišne ribe. Samo astaksantin, pridobljen iz alg, Haematococcus Pluvialis , ima 100% levorotacijsko (3s-3's) strukturo in ima najmočnejšo biološko aktivnost.
Pfiziološke funkcije:
Stabilnost in antioksidativna aktivnost sintetičnega astaksantina sta prav tako nižja kot pri naravnem astaksantinu. Ker je mogoče hidroksilne skupine (-oh) na obeh koncih molekule astaksantina zaestriti, je njena stabilnost različna. Več kot 90 % naravnega astaksantina obstaja v esterificirani obliki, zato je relativno stabilen. Sintetični astaksantin obstaja v prostem stanju, zato je stabilen. Ni isto, sintetični astaksantin mora biti vgrajen, da je stabilen. Sintetični astaksantin ima le približno 1/4 leve strukture, to pomeni le četrtino kotantioksidant.
Kar zadeva učinke aplikacije:
Tudi bioabsorpcija sintetičnega astaksantina je slabša od naravnega astaksantina. hranjenjepri nizkikoncentracija , koncentracijasintetičniastaksantin v krvi šarenke je bistveno nižji od naravnega astaksantina in ga v telesu ni mogoče spremeniti v naravno konfiguracijo niti ne , Njegova barvna sposobnost in biološka moč sta veliko nižji od naravnega astaksantina enake koncentracije.
Glede biološke varnosti:
Med sintetičnimastaksantinproces,neizogibno uvaja nečistoče kemikalij kot so proizvedeni nenaravni stranski proizvodi,kar bo zmanjšalo varnost njegove biološke uporabnosti. S porastom naravnega astaksantina je upravljanjena sintetičnemastaksantin v državah po svetu je postalvedno boljstrog. Na primer, ameriška uprava za hrano in zdravila (FDA) je prepovedala vstop na trg hrane in prehranskih dopolnil (dodatkov) kemično sintetiziranemu astaksantinu, naravni astaksantin pa je od FDA pridobil certifikat splošne varnosti (GRAS), ki lahko zakonito vstopi v hrano in trg prehranskih dopolnil. Proizvodnja astaksantina na splošno teži k razvoju biološkega vira naravnega astaksantina in tako izvaja obsežno proizvodnjo.
